Sejak dicanangkan evaluasi program studi berdasarkan evaluasi diri (EPSBED) dari tahun 2002 sampai dengan semester genap 2006/2007, ISI Denpasar telah secara berkala menyampaikan laporan EPSBED berdasarkan program SK034 ke Ditjen Dikti Depdiknas dan dinyatakan valid. Meskipun dinyatakan valid, proses penyusunan laporan EPSBED setiap semester menemui kendala dalam melaksanakan input data sesuai dengan kebutuhan program diantaranya, salah satu titik lemah pelayanan administrasi akademik belum menggunakan sistem informasi akademik yang memadai, tidak tersedianya database yang valid, data tidak uptodate, sehingga kesulitan dalam mengantisipasi kompleksnya pekerjaan, kecepatan menyelesaikan pekerjaan, pengambilan keputusan menjadi lamban, tidak akurat, sehingga kinerja menjadi disefektif, disefisien, dan disakuntabel.
Organ unit di bawah unit administrasi akademik, sebenarnya sudah mempunyai rincian tugas untuk masing-masing. Namun rincian tugas tersebut, sampai saat ini belum dijabarkan dalam bentuk prosedur pelaksanaan pekerjaan atau belum memiliki SOP dan SPM dalam menjalankan tupoksinya akibatnya tingkatan tanggung jawab dan wewenang organ unit menjadi tidak jelas. Tidak dimilikinya SOP baik untuk organ unit maupun staf unit berdampak pada efektifitas dan efisiensi kinerja organ unit bidang akademik. SPM sangat penting untuk mewujudkan mutu pelayanan akademik secara minimal. Sistem birokrasi yang bertanggung jawab pada pemerintah harus ditambah dengan bertanggung jawab pula pada stakeholder.
Rendahnya kinerja pengelolaan akademik dikarenakan oleh belum adanya integrasi data antar unit/bagian kerja akademik, masih dipergunakannya sistem manual dan atau semi manual berdampak pada efisiensi, efektifitas, dan kualitas kinerja. data-data akademik sangat sulit diperoleh, karena masing-masing organ unit akademik mempunyai tupoksi untuk menyimpan, mengolah, dan menyebarkan informasi yang ada. Akses informasi akademik sangat sulit walaupun ada, pelayanan terasa sangat lambat, dan tidak valid, di dapat oleh stakeholder internal maupun eksternal. Dalam menuju lembaga publik yang otonom, sistem pengelolaan seperti ini tidak dapat diteruskan, perlu perubahan yang dengan menerapkan sistem penyimpanan, pengumpulan dan pengolahan data akademik yang terintegrasi, kecepatan penyampaian informasi, dan validitas data untuk kalangan stakeholder internal dan eksternal dapat dipertanggungjawabkan.
Kesulitan memperoleh data-data akademik dalam untuk pelaksanaan evaluasi diri institusi merupakan permasalahan kemahnya sistem dokumentasi dan pencatatan kegiatan tridarma perguruan tinggi. Berbagai hibah kompetisi yang telah diraih belum mampu meningkatkan sistem manajemen tatakelola. Hibah kompetisi baru mampu meningkatkan kegiatan tridarma perguruan tinggi pada jenjang program studi, peningkatan proses belajar mengajar, peningkatan input pada sebagian program studi, peningkatan kualitas output, dampak pada masyarakat luas. Program hibah kompetisi yang paling berhasil adalah peningkatan pola pikir pendidik, tetapi belum menyentuh pola pikir tenaga pendukung pendidikan.
Kegiatan yang dilaksanakan dalam program hibah kompetisi seperti Due-like, semi Que, B-Art, PCPT program studi, penelitian hibah luar negeri, pelaksanaan kerjasama dalam dan luar negeri dalam bidang tridarma perguruan tinggi, dan pergelaran seni, pameran, penciptaan seni baik yang dilaksanakan oleh Institusi, fakultas, program studi maupun oleh UPT ajang gelar/pameran, belum menunjukan bahwa apa yang dilakukan oleh unit lain tersebut sebagai kegiatan Institusi. Seharusnya berbagai kegiatan tadi menjadi sumber bahan pada kegiatan tri darma perguruan tinggi yang memiliki nilai akuntabilitas kinerja yang tinggi. Hal tersebut disebabkan oleh kelemahan yang paling mendasar dalam sistem koordinasi antar unit, sistem data yang tidak terintegrasi, belum adanya SOP yang mengatur koordinasi antar unit, dan unit-unit yang belum mempunyai SPM.
